广西妇幼保健院医院设有儿一科、儿二科、重症医学科、儿外科、产一科、新生儿科、产二科、麻醉科、妇一科、妇二科、MICU科、新生儿科、输血科、检验科、病理科、放射科、超声科、供应室、心电图室、药剂科、过敏源检测治疗中心、脑电图室等临床与医技科室。其中，重症医学科是省级重点儿童重症医学临床专科。

医院历年来荣获多项荣誉，包括：全国医药卫生系统先进集体、全国卫生系统精神文明建设先进单位、全国三八红旗集体、全国“优秀爱婴医院”、中国优生优育先进集体等国家和自治区级荣誉212项。

医院被评为各级各类管理中心及技术培训基地，如国家级儿童早期发展示范基地(国家卫计委妇幼司授予)、广西妇幼卫生信息管理中心、广西新生儿疾病筛查中心、广西产前诊断中心、广西地中海贫血产前诊断中心、广西地中海贫血产前诊断技术培训基地、广西新生儿听力筛查与儿童听力障碍诊治管理中心、标准化雾化中心规范管理项目示范单位(中国医院协会授予)、PAC优质服务医院(关爱至伊?流产后关爱项目)、内分泌与妇科常见疾病培训基地(中国妇幼保健协会授予)、宫颈癌防控技术培训基地(中华预防医学会授予)、“小儿麻醉培训基地和产科麻醉培训基地”(中华医学会麻醉学分会授予)、全国自闭症儿童家庭关怀行动自闭症诊断干预培训示范基地(中国妇女发展基金会授予)、孕妇学校师资培训广西基地(中国优生科学协会授予)、出生缺陷干预救助示范基地(中国出生缺陷干预救助基金会授予)、遗传咨询师培训授权机构(中国遗传学会遗传咨询分会授予)、中国妇女盆底功能障碍防治项目技术培训中心(中华预防医学会授予)、广西超声诊断培训中心(中国医学基金会授予)。