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胚胎胎停的原因是母体免疫功能异常所导致的。母体免疫功能异常有自身免疫功能异常和同种免疫功能异常两种。自身免疫功能异常，比较常见的是抗磷脂抗体综合征。在患者身上表现为抗磷脂抗体，抗β2糖蛋白抗体，狼疮抗凝血因子阳性。临床上表现为胚胎胎停，甚至复发性胚胎胎停。有时候和风湿免疫性疾病同时存在，比如系统性红斑狼疮，干燥综合征等。同种免疫功能异常，多表现为封闭性因子缺乏，会出现不明原因的胚胎胎停。
母体内分泌异常也是导致胚胎胎停的一个原因，比如女性黄体功能不全，高泌乳素血症，多囊卵巢综合征等，还有甲状腺功能减退，糖尿病血糖控制不良，也是导致胚胎胎停的原因。
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